A história de 12Riven acontece em 20 de maio de 2012 e Renmaru Miyabidō ciclismo o seu caminho rapidamente para o Integral (インテグラ ル Integuraru?) Prédio abandonado depois de receber uma mensagem em seu celular que Myu, um velho amigo seu, morreria no prédio da nível superior hoje ao meio-dia. Quando ele chega lá, ele verifica o relógio e vê que é 11:24.

Em outros lugares, Narumi Mishima está em sua moto indo em direção ao mesmo local. Ela recebeu um pedido de um amigo e colega de trabalho pedindo-lhe para ajudar a salvar uma garota chamada "Myu" no Integral. Narumi deve salvar myu para impedir a execução do "Plano de segundo Eclipse" (第 弐 エクリプス 計画 Daini Ekuripusu Keikaku?). Narumi nunca ouviu falar esta frase antes, além disso, a mensagem foi enviada com o "XXX Lv6" marcação. Esta foi uma escala de classificação para a gravidade da situação e um nível de marcação 6 nunca foi usada. Mesmo uma ameaça terrorista em grande escala foi definida no nível 5. A mensagem também indicado para Narumi que alguém chamado Renmaru pode estar lá, que ele estará do seu lado.

Renmaru não encontra nada no deck de observação do edifício, mas quando ele sai para a abertura do edifício, ele encontra myu ferido no chão. Renmaru também encontra seu agressor lá, mas é incapaz de derrotá-lo, porque cada vez Renmaru tenta conectar um golpe, ele é jogado para o próprio chão por uma força desconhecida. Neste ponto, atacante do myu tira uma arma, ele leva myu e ameaça Renmaru para deixar o local em silêncio depois que ele conta até dez com os olhos fechados. Renmaru não sabe o que fazer e fica ali irremediavelmente. Direito, como o atacante faz a contagem regressiva para um, Narumi chega à cena e aponta sua arma para ele.